Комиссия в пределах своих полномочий принимает решения, имеющие обязательный характер, и рекомендации, не носящие обязательного характера.
Решения комиссии являются правовыми актами, которые наряду с международными договорами составляют договорно-правовую базу Таможенного союза (ТС) и Единого экономического пространства (ЕЭП).
Если решением комиссии установлены иные правила, чем предусмотренные национальным законодательством сторон, то применяются правила, установленные решением комиссии.
Комиссия в пределах своих полномочий обеспечивает реализацию международных договоров, формирующих договорно-правовую базу ТС и ЕЭП.
Комиссия может быть наделена высшим органом ТС правом заключать международные договоры по вопросам, входящим в компетенцию комиссии.
Комиссия может иметь свои представительства в государствах сторон настоящего договора, в третьих странах и их объединениях, а также при международных организациях.
Голоса в комиссии распределяются следующим образом. В совете: Республика Беларусь - 21,5; Республика Казахстан - 21,5; Российская Федерация - 57; в коллегии: один член коллегии - один голос.
Совет комиссии осуществляет общее регулирование интеграционных процессов в ТС и ЕЭП, а также общее руководство деятельностью комиссии.
В совет входят по одному представителю от каждой стороны, являющемуся заместителем главы правительства, наделенному необходимыми полномочиями.
Состав совета утверждается высшим органом ТС на уровне глав государств.
Совет осуществляет следующие функции и полномочия: одобряет проекты международных договоров, заключаемых от имени комиссии; организует работу по совершенствованию нормативно-правовой базы ТС и ЕЭП; утверждает квалификационные требования к должностным лицам и сотрудникам департаментов комиссии и т. д.
Председательство в совете осуществляется поочередно, сроком на 1 год, в порядке, установленном высшим органом ТС на уровне глав государств.
Совет принимает решения большинством в 2/3 голосов, если иное не предусмотрено международными договорами, формирующими договорно-правовую базу ТС и ЕЭП.
Если при принятии решения не было набрано необходимого числа голосов, совет вправе передать вопрос на рассмотрение высшего органа ТС.
Коллегия является исполнительным органом комиссии. Коллегия состоит из председателя и 9 членов. Коллегия осуществляет руководство департаментами комиссии.
Члены коллегии назначаются на квотной основе с учетом долевых взносов сторон: по 2 - от Республики Беларусь и Республики Казахстан и 6 - от Российской Федерации.
Стороны не имеют права отзыва члена коллегии, за исключением случаев недобросовестного исполнения ими своих должностных обязанностей или некоторых других случаев.
Коллегия осуществляет следующие функции: принимает от имени комиссии решения и рекомендации; исполняет решения, принятые высшим органом ТС, и решения комиссии, принятые советом; осуществляет мониторинг и контроль за исполнением международных договоров по формированию ТС и ЕЭП, оказывает содействие сторонам в урегулировании споров в рамках ТС и ЕЭП до обращения в Суд Евразийского экономического сообщества; обеспечивает представление интересов комиссии в судебных инстанциях, включая Суд ЕврАзЭС, и т. д.
В случае если одна из сторон не исполняет международные договоры, формирующие договорно-правовую базу ТС и ЕЭП, и/или решения комиссии, то коллегия направляет стороне уведомление о необходимости обязательного их исполнения и устанавливает срок, в течение которого сторона обязана устранить данное нарушение.
В случае если в установленный срок сторона не исполняет решения комиссии, то коллегия от имени комиссии имеет право обратиться в Суд ЕврАзЭС.
После принятия Судом ЕврАзЭС к рассмотрению соответствующего заявления сторона, которой обжалуемым действием нанесен ущерб, вправе применить в одностороннем порядке обеспечительные меры, направленные на предотвращение ущерба, согласовав с коллегией соразмерность вводимых мер потенциальному ущербу.
Коллегия принимает решения и рекомендации от имени комиссии большинством в 2/3 голосов от общего числа членов коллегии.
По объему социальных гарантий члены коллегии приравниваются к министру (федеральному министру) государства - члена ТС, в котором расположена комиссия.
Обеспечение деятельности высшего органа ТС, совета и коллегии осуществляют департаменты комиссии. Количество департаментов и их штатная численность определяются решением высшего органа ТС.
Директора департаментов и их заместители назначаются председателем коллегии на конкурсной основе сроком на 4 года с возможным продлением и освобождаются от должности решением комиссии.